Ұйымды-әдістемелік бөлімнің қызметі мыналарға бағытталған:
• Қарағанды облысында АИТВ-инфекциясының таралуына қарсы тұрудың стратегиялық, кешенді, айлық және басқа жоспарларын әзірлеу;
• Үйлестіру кеңестеріне материал дайындау, АИТВ-ның алдын алу мәселелерін қарастыру үшін Республикалық орталықпен, ӨЗКО алқаларымен селекторлық кеңестер өткізу және т.б.;
• Меморандумның нысаналы индикаторларына қол жеткізу үшін емдеу-алдын алу шараларының нәтижелерін қарау үшін ЖИТС қызметінің аймақтық медициналық кеңестерін ұйымдастыру;
• Денсаулық сақтау басқармасымен, түрлі басқармалармен, қоғамдық бірлестіктермен және т.б. бірлесіп АИТВ-инфекциясы проблемасы бойынша профилактикалық бағдарламаларды әзірлеуге қатысу;
• АИТВ-инфекциясының алдын алу бойынша ОК ЖИТС-тің бұйрықтарын, алгоритмдерін дайындау және т.б.;
• ЖИТС орталығы бөлімшелерінің мамандарына және басқа да ұйымдарға АИТВ-инфекциясының ұйымдастыру мәселелері бойынша ұйымдық-әдістемелік көмек көрсету;
• Бағдарламалық іс-шаралардың көрсеткіштерін, орталықтың материалдық базасының жай-күйін және кадрлық қамтамасыз етуді, кадрларды даярлау мен қайта даярлауды бақылау және бағалау арқылы ЖИТС қызметінің қызметіне талдау жүргізу.