Эпидемиологиялық бөлімнің қызметі мыналарға бағытталған:
• АИТВ-инфекциясының жиілігі мен таралуына эпидемиологиялық қадағалауды ұйымдастыру және жүргізу;
• АИТВ-инфекциясының таралуына қарсы күрес бағдарламаларын, мемлекеттік, халықаралық және қоғамдық ұйымдармен бірлесіп профилактикалық іс-шараларды жүзеге асыруды қамтамасыз ету.
• Халықтың негізгі топтары арасында алдын алу бағдарламаларының орындалуын бақылау.
• Аймақтағы эпидемиологиялық жағдайды талдау және бағалау;
• АИТВ-инфекциясының таралуын болдырмауға және азайтуға бағытталған шаралар кешенін жүзеге асыру;
• АИТВ инфекциясының барлық анықталған жағдайларының автоматтандырылған (компьютерлік) есебін жүргізу;
• АИТВ-инфекциясының ошақтарында эпидемиологиялық тергеу жүргізу;
• Әлсіз топтағы тұрғындар арасында күзетші эпидемиологиялық қадағалауды ұйымдастыру және жүргізу жәнеде осы зерттеудің талдауын дайындау;
• Эпидемиологиялық көрсеткіштер бойынша АИТВ-инфекциясына скрининг ұйымдастыру және оны талдау.